Если на сервере не установлен ntpd сервис, синхронизация времени с NTP сервером происходит единоразово, при старте системы.
Для того, чтобы синхронизация с NTP сервером происходила регулярно установите ntpd сервис. Инструкцию по установке сможете найти перейдя по ссылке ниже:
http://help.ubuntu.ru/wiki/руководство_по_ubuntu_server/сеть/ntp
Для того, чтобы иметь минимальное расхождение во времени рекомендуем использовать NTP сервера, в зависимости от страны размещения, выберите сервер:
например Украина — http://www.pool.ntp.org/uk/zone/ua